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Vor jeder Gastroskopie erfolgt die Untersuchung der Speiseröhre (Ösophagoskopie). Häufig zeigt sich hier eine Refluxkrankheit. Auf diese häufige Erkrankung der Speiseröhre deuten länger andauerndes Sodbrennen oder saures Aufstoßen hin.  Bei V.a. eine Refluxkrankheit werden kleine Schleimhaut- proben entnommen, die mikroskopisch untersucht werden. Ergeben sich dabei Hinweise auf bestimmte chronische Schleimhautveränderungen (Barrett-Schleimhaut), so werden je nach Ausprägung endoskopische Kontrollen in unterschiedlichen zeitlichen Abständen empfohlen, da in bestimmten Fällen ein Speiseröhren-Krebs daraus entstehen kann.